L'operatore, qualora lo ritenga opportuno, potrà effettuare l'operazione di reimportazione definitiva solo per alcuni articoli, riservandosi di effettuare la reimportazione dei restanti articoli successivamente.

Qualora la reimportazione avvenga entro un mese dal termine di scadenza del Carnet e le merci risultino in dogana, la dogana stessa potrà consentire la reimportazione ritardata delle merci. Se la reimportazione avviene dopo tale periodo, il titolare dovrà chiedere alla dogana competente l’autorizzazione alla reimportazione, corredando la domanda con l’assenso da parte della Camera emittente all'operazione di reimportazione (modello richiesta nulla osta per riammissione in termini). Ciò non esonera il titolare dal pagamento di somme eventualmente richieste da dogane estere.

In caso di smarrimento o furto di un Carnet ATA, il titolare dovrà presentare all'Ufficio Internazionalizzazione la relativa denuncia, rilasciata dall'Autorità di Pubblica Sicurezza. Se la merce oggetto del Carnet è all'estero, oppure se non è ancora stata effettuata l'operazione di reimportazione nell'Unione europea, il titolare richiederà il duplicato del Carnet dotato di fogli necessari per completare le operazioni doganali. Per richiedere il duplicato va presentata:

• la richiesta di duplicato su carta intestata dell'impresa, firmata dal legale rappresentante (v. modulo nella sezione "modulistica")
• la copia di denuncia di smarrimento o furto rilasciata dall'Autorità di Pubblica Sicurezza

Se il Carnet viene smarrito o rubato dopo la conclusione del viaggio, il titolare deve comunque sporgere denuncia alle autorità competenti, dichiarando se la merce è stata reimportata totalmente in Italia e se il documento è stato regolarmente utilizzato. Il titolare del Carnet è in ogni caso responsabile delle conseguenze che potrebbero derivare dall'utilizzo da parte di terzi, del Carnet smarrito o sottratto.

Quando il Carnet sta per scadere e la merce oggetto del documento non può essere riesportata dal paese estero entro i termini previsti, l'operatore deve verificare che la dogana locale accetti un Carnet sostitutivo.
In caso affermativo, prima della scadenza del vecchio Carnet, può richiedere un Carnet sostitutivo, che avrà la validità di un anno dalla nuova emissione (v. modulo di richiesta di Carnet sostitutivo). L'operatore otterrà il Carnet sostitutivo presentando la stessa documentazione e pagando le stesse somme richieste per il rilascio di un Carnet nuovo (compresa la polizza assicurativa). Si precisa che i due Carnet (il Carnet in scadenza e uello sostitutivo), dovranno essere presentati per i visti, rigorosamente prima della scadenza del primo Carnet, sia alla dogana comunitaria di uscita, sia a quella straniera che ha effettuato l'operazione di importazione. Dopo l'apposizione dei visti, il Carnet in scadenza dovrà essere restituito alla Camera di Commercio, mentre il nuovo Carnet seguirà la merce fino al rientro definitivo in Unione europea. Nel caso in cui la dogana locale non accetti il Carnet sostitutivo, la merce dovrà essere assolutamente riesportata entro i termini concessi. In caso contrario sarà obbligatorio il pagamento dei diritti doganali.